De carácter concertado, pertenece a la Provincia de la Inmaculada Concepción, de la Orden de Frailes Menores (OFM. Franciscanos), erigida canónicamente el 1 de enero de 2015 tras la unión de varias provincias. Actualmente el colegio San Francisco es uno de los 14 colegios que pertenecen a dicha organización en todo el territorio español.
Las primeras referencias de fundación del Colegio son del año 1942 cuando el Ministerio de Educación Nacional le autorizó provisionalmente el funcionamiento como Escuela Privada no estatal dependiente de la Provincia Franciscana de Almería. Sin embargo, no fue hasta 1965 cuando se creó el Consejo Escolar Primario por Orden Ministerial donde puede considerarse como una Escuela Graduada.
A partir de ahí, el colegio se fue adaptando a los distintos cambios legislativos. En 1999 se le concedió la autorización definitiva de funcionamiento como Centro Privado de Educación Infantil con tres unidades y seis unidades de Educación Primaria. Esta oferta se mantiene hasta la actualidad pero disfrutando de un concierto público de la Junta de Andalucía desde 2008.
Además, desde 2008 cuenta con un Aula de Apoyo a la Integración y de Servicio de Orientación y desde el curso 2014/15 la autorización administrativa para la impartición de enseñanza bilingüe (inglés).
Por tanto, actualmente, el colegio cuenta con una línea para cada curso de Educación Primaria y para Educación Infantil de 3, 4 y 5 años. No cuenta con enseñanza Secundaria pero tienen una adscripción para enviar a sus alumnos al C.D.P. La Salle Virgen del Mar, a través de un Programa de Tránsito a Educación Secundaria que incluye unas jornadas de visitas con las familias y alumnos al Centro.
